Pérez là một người tốt nghiệp Học viện Quân sự Quốc gia Guatemala (Escuela Politecnica[8]), Trường châu Mỹ[9] và Trường quốc phòng Liên Mỹ[10].

Ông đã từng là Giám đốc của Tình báo quân đội Guatamala[11] và là Tổng Thanh tra của quân đội[12]. Năm 1983, ông là một thành viên của nhóm các sĩ quan quân đội người ủng hộ Bộ trưởng Quốc phòng Óscar Mejía tiến hành cuộc đảo chính lật đổ vị tổng thống de facto Efrain Ríos Montt[13].

Trong khi giữ chức giám đốc tình báo quân đội vào năm 1993 ông đã có công trong việc ép buộc Tổng thống Jorge Serrano ra đi. Tổng thống đã cố gắng một "tự đảo chính" bằng cách giải tán Quốc hội, bổ nhiệm thành viên mới vào Tòa án Tối cao. (Xem khủng hoảng hiến pháp Guatemala năm 1993)[14].

Theo sau sự kiện đó, thanh tra nhân quyền của Guatemala, Ramiro de León Carpio, đã kế tục chức tổng thống, theo hiến pháp. Ông đã bổ Pérez làm chánh văn phòng tổng thống, một vị trí mà ông nắm giữ cho đến năm 1995. Được coi là một nhà lãnh đạo của phe quân đội Guatemala ủng hộ một nghị quyết đàm phán nội chiến Guatemala kéo dài 30 năm[15], Pérez đại diện quân đội trong đàm phán với lực lượng du kích. Họ đã đạt được Hiệp định Hòa bình năm 1996[16].

Giữa năm 1998 và 2000, Pérez đại diện Guatemala vào Hội đồng Quốc phòng Liên Mỹ[12].